Rodzice Matthew, Judy i Dennis Shepard, założyli Matthew Shepard Foudation 1 grudnia 1998, w dniu w którym ich syn skończyłby 22 lata.

Rodzina Matthew otrzymała 70 tys. maili i 10 tys. listów z całego świata. Nadawcy nie tylko wyrażali swój ból, wstrząs i współczucie, ale często dołączali niewielkie datki pieniężne "na pokrycie kosztów opieki w szpitalu". Rodzice którzy nie musieli płacić za opiekę szpitalną nad Matthew, przeznaczyli zebrane pieniądze na założenie Fundacji Matthew Sheparda. Matthew marzył i planował działać zawodowo na rzecz akceptacji odmienności i praw człowieka. Fundacja podjęła tę pracę którą uniemożliwiła przedwczesna śmierć Matthew.

Judy i Dennis Shepard oraz ich młodszy syn Logan są osobiście zaangażowani w kierowanie i pracę Fundacji.

Głównym celem Fundacji jest "Zmienić nienawiść na zrozumienie, współczucie i akceptację." Działa poprzez edukację i informowanie o tym jak ważna jest różnorodność, zrozumienie, współczucie, akceptacja i szacunek. Fundacja wspiera organizacje młodzieżowe w tworzeniu środowisk w których młodzi ludzie mogą czuć się bezpiecznie i być sobą. Angażując jednostki, szkoły i organizacje w dialog promuje godność ludzką. Ostatecznym celem jest jest przełamanie granić między hetero- i homoseksualnymi, aby ludzie byli razem.

Celem działania Fundacji nie są "prawa dla gejów" - jest nim ludzka godność i akceptacja. Ponieważ ostatecznie wymazanie nienawiści nie jest sprawą ludzi homoseksualnych czy sprawą ludzi heteroseksualnych; to jest sprawa ludzi.

Fundacja skupia swoje działania na trzech obszarach:

  1. "Wymazać nienawiść" - edukowanie i uświadamianie, w jaki sposób w społeczeństwie funkcjonuje nienawiść, i że warto robić wszystko by usunąć tę nienawiść.
  2. Równość ludzi homoseksualnych: wsparcie dla równości w małżeństwie, zatrudnieniu i działanie przeciwko niedopuszczaniu gejów do służby wojskowej. Na tym obszarze Fundacja wspiera różne inne grupy, takie jak Human Rights Campaign (Kampania na rzecz Praw Człowieka).
  3. "Dzieci są najważniejsze" - edukowanie społeczeństwa na temat potrzeb młodych gejów i lesbijek, z których wielu doświadcza dyskryminacji w szkołach i w domach.

Strona Fundacji

Przyjaciel Matthew, Walt Boulden, pisał:

Mój najdroższy Matt,
Poruszyłeś serca i dusze świata duchem i obecnością których nie zdołało zgasić nawet brutalne morderstwo. Będziesz zawsze żył we wspomnieniach tych którzy mieli szczęście znać ciebie. I niezależnie czy chcesz czy nie, będziesz zawsze żył jako znak pamięci dla wszystkich którzy walczą o prawa człowieka i że zostało nam jeszcze wiele do zrobienia i że cena za bezczynność i samozadowolenie jest zbyt wysoka. Twoja walka się skończyła, więc nasza musi być kontynuowana z nowym skupieniem i determinacją. Spoczywaj w pokoju. Zasłużyłeś na to.

A Tribute to Matthew Shepard, w pracy zbiorowej From hate crimes to human rights, s. 14